เนื่องจากการแปรงฟัน ไม่สามารถทำความสะอาด ภายในซอกของฟันได้อย่างสมบูรณ์ ดังนั้น จึงต้องใช้เส้นใยขัดฟัน ในการทำความสะอาดซอกฟัน โดยทำก่อนหรือหลังการแปรงฟัน มีวิธีการทำความสะอาดดังนี้

ใช้เส้นใยขัดฟันยาวประมาณครึ่งฟุต พันเส้นใยที่นิ้วกลางของมือทั้งสอง ให้เหลือความยาว ระหว่างนิ้วกลางทั้งสอง ประมาณ 2-3 นิ้ว ในฟันบนให้ใช้นิ้วหัวแม่มือ และนิ้วชี้ ส่วนฟันล่างให้ใช้นิ้วชี้ทั้งสองข้าง ช่วยบังคับทิศทาง ที่จะทำความสะอาดซอกฟัน ค่อยๆ เคลื่อนเส้นใยผ่านซอกฟัน ห้ามกดเส้นใยผ่านซอกฟันลงไปแรงๆ เพราะจะผ่านลงไปบาดเหงือกได้ เมื่อเส้นใยผ่านลงไปอยู่ในซอกฟันแล้ว ให้เส้นใยโอบฟันครึ่งซี่แนบกับคอฟัน และลงไปในซอก ระหว่างฟันกับเหงือก โดยไม่บาดเหงือกและไม่รู้สึกเจ็บ แล้วขยับขึ้นลง จากแนวเหงือกขึ้นหรือลงประมาณ 1-3 ครั้ง โดยทำเช่นนี้ให้ครบทุกซอกฟัน รวมทั้งด้านในสุดของฟันซี่สุดท้ายด้วย